Zakopane ist eine der südlichsten Städte und die höchstgelegene Stadt Polens. Die höchsten Berge Polens (bis 2499 m Seehöhe) gehören zur Gemeinde, das Stadtgebiet selbst reicht von 750 bis zu 1000 m ü. NN. Die Stadtmitte (Kreuzung von Krupowkistraße und Kosciuszkostraße) befindet sich in einer Höhe von 838 m. Zakopane besitzt wegen seiner Höhenlage etwas niedrigere Temperaturen und deutlich höhere Niederschläge als Orte im Flachland. Südlich an die Stadt grenzt der Nationalpark Hohe Tatra.